آغاز به کار وزارت کشاورزی
پیش از دوره قاجاریه، هیچ نامی از اداره فلاحت یا وزارت فلاحت در کتاب‌ها وجود ندارد و بیشتر به املاک شاه و دیوان خالصجات اشاره می‌شود. پس از استقرار مشروطیت در سال ۱۲۸۹، وزارت خالصجات و زراعت و فلاحت با دستور مظفرالدین شاه قاجار ایجاد شد و میرزا نصرالله‌خان ناصرالسلطنه به عنوان اولین وزیر این وزارتخانه منصوب شد.
تغییرات در ساختار وزارتخانه
در سال ۱۲۹۸، وزارت فلاحت و تجارت و فوائد عامه ایجاد شد که شامل اداره فلاحت و تجارت بود. در سال ۱۳۰۹، این وزارتخانه به دو وزارتخانه اقتصاد ملی و وزارت طرق و شوارع تقسیم شد. در سال ۱۳۱۰، وزارت اقتصاد ملی به سه اداره‌کل تقسیم شد: اداره‌کل فلاحت، اداره‌کل صناعت و اداره‌کل تجارت.
تغییر نام به کشاورزی
در سال ۱۳۱۷، فرهنگستان زبان فارسی واژه کشاورزی را به جای فلاحت انتخاب کرد و اداره فلاحت به اداره کل کشاورزی تغییر نام یافت. از شهریور ۱۳۲۰، اداره‌کل کشاورزی به وزارت کشاورزی ترفیع یافت و علی‌اکبر حکیمی به عنوان اولین وزیر کشاورزی منصوب شد.
تعداد وزرا و مدت مدیریت
از سال ۱۳۲۰ تا ۱۴۰۳، ۵۴ بار انتصاب در سطح عالی‌ترین مقام وزارت کشاورزی انجام شده است. اگر تعداد سرپرست‌ها و انتصاب‌های تکراری را حذف کنیم، ۳۹ وزیر در این وزارتخانه فعالیت داشته‌اند. عیسی کلانتری با ۴۴۳۶ روز، محمود حجتی با ۳۸۲۷ روز و منصور روحانی با ۲۱۲۸ روز بیشترین دوران وزارت را برعهده داشته‌اند. در مقابل، محمود فاتح با ۲۳ روز، نصراله‌خان خلعتبری و منصور عطایی هر یک با ۳۰ روز کمترین مدت وزارت را سپری کرده‌اند.
تغییرات در برنامه‌های توسعه
طی برنامه‌های توسعه پیش از انقلاب اسلامی، مدیریت وزارتخانه ۲۳ بار تغییر کرد. پس از انقلاب اسلامی، در برنامه‌های توسعه مختلف، مدیریت وزارتخانه ۹ بار تغییر کرد. در مجموع، ۱۲ وزیر انتصابی در ۷ سال آغاز تاسیس وزارت و ۵ وزیر انتصابی در ۱۰ سال ابتدای انقلاب فعالیت داشته‌اند.
تغییرات در عنوان وزارتخانه
در سال ۱۳۵۰، عنوان وزارت کشاورزی به وزارت کشاورزی و منابع طبیعی تغییر یافت. در سال ۱۳۵۶، به وزارت کشاورزی و عمران روستایی تغییر کرد. در سال ۱۳۶۲، مجدداً به وزارت کشاورزی تغییر نام داد و در سال ۱۳۷۹ با ادغام با وزارت جهادسازندگی به وزارت جهادکشاورزی تبدیل شد.