با فشار و پیگیری فراوان دولت، طرح تشکیل وزارت بازرگانی در تاریخ ۳ مهرماه در صحن علنی مجلس شورای اسلامی به تصویب رسید و برای طی کردن ادامه فرایندهای قانونی راهی شورای نگهبان شد. شورای نگهبان در جریان بررسی، تبصره های ۱، ۳ و ۴ طرح مذکور را محل ایراد دانست و آن را به مجلس برگرداند. در همین راستا و بنابر تشخیص هیئت رئیسه صحن علنی مجلس، کمیسیون اجتماعی مجلس مامور به رفع ایرادات شورای نگهبان و ارجاع سریع طرح به صحن علنی مجلس شد. بر همین اساس جلسه‌ای فوری و بدون حضور مخالفان طرح تشکیل وزارت بازرگانی به میزبانی کمیسیون اجتماعی مجلس در ساعت 7 صبح ۲۵ آذرماه برگزار و این طرح مجددا راهی صحن علنی مجلس شد. در نهایت تغییرات و مصوبات جدید کمیسیون اجتماعی مجلس درباره طرح تشکیل وزارت بازرگانی در جلسه علنی مورخ 1 دی ماه مورد بررسی قرار گرفت و علی رغم تلاش فراوان رئیس مجلس و بعد از 5 بار رای گیری، نه مصوبه کمیسیون اجتماعی مجلس تصویب شد و نه سایر پیشنهادهای مطرح شده در صحن علنی به تصویب رسید. به همین دلیل، مجددا این مصوبه برای اصلاح به کمیسیون اجتماعی مجلس ارجاع داده شد.
*قانون تمرکز محل دعوای موافقان و مخالفان طرح تشکیل وزارت بازرگانی
تبصره 1 ماده 1 طرح تشکیل وزارت بازرگانی ازجمله مهم‌ترین ایرادات شورای نگهبان به این طرح بود که بررسی مجدد آن در جلسه صحن علنی مجلس در تاریخ 1 دی ماه هم حواشی زیادی را ایجاد کرد. براساس این ماده، قانون تمرکز وظایف و اختیارت بخش کشاورزی در وزارت جهاد کشاورزی (قانون تمرکز) ملغی و اختیارات قانون مذکور به وزارت بازرگانی داده شده است. بر اساس قانون تمرکز، مسئول کلیه اختیارات، وظایف و امور مربوط به سیاست‌گذاری، برنامه‌ریزی، نظارت، صادرات و واردات محصولات کشاورزی با وزارت جهاد کشاورزی است.
*مخالفت لاریجانی با مطرح شدن پیشنهادهای مخالفان وزارت بازرگانی
در جلسه علنی 1 دی ماه، تعدادی از نمایندگان مجلس پیشنهاداتی برای اصلاح تبصره 1 ماده 1 طرح تشکیل وزارت بازرگانی داده بودند که علی لاریجانی رئیس مجلس، اجازه مطرح شدن آن‌ها را نداد. به عنوان مثال، عباس پاپی زاده و علی ابراهیمی دو عضو کمیسیون کشاورزی مجلس پیشنهاد داده بودند، کلیه اختیارات، وظایف و امور مربوط به سیاست‌گذاری، برنامه‌ریزی، نظارت، صادرات و واردات محصولات کشاورزی مندرج در بند «ب» قانون تمرکز، بعد از تشکیل وزارت بازرگانی، کمافی سابق باید در اختیار وزارت جهاد کشاورزی باشد. همچنین نصرالله پژمان‌فر عضو کمیسیون فرهنگی مجلس هم پیشنهادیی مبنی بر اعطای اختیارات صادرات محصولات کشاورزی به وزارت بازرگانی و اعطای اختیارات واردات این بخش به وزارت جهاد کشاورزی مطرح کرده بود.
مخالفت رئیس مجلس با مطرح شدن پیشنهادهای مخالفان طرح تشکیل وزارت بازرگانی در صحن علنی مجلس درحالی بود که بر اساس قانون آیین نامه داخلی مجلس، باید اجازه مطرح شدن پیشنهادهای نمایندگان در مورد کلیات و جزییات طرح‌ها و لوایح در صحن علنی مجلس داده شود.
*اعتراض نمایندگان پیشنهاد دهنده به تصمیم رئیس مجلس
نصرالله پژمان‌فر عضو کمیسیون فرهنگی مجلس در گفت‌وگو با خبرگزاری فارس ضمن انتقاد به تصمیم هیئت رئیسه مجلس گفت: «طبق آئین نامه داخلی مجلس و حقوق نمایندگان، هیئت رئیسه باید اجازه قرائت نظرات و پیشنهادات را می‌داد. اما متاسفانه با این موضوع مخالفت شد. هیئت رئیسه و برخی نمایندگان مجلس در موضوع وزارت بازرگانی فضا را مخدوش و بن بست کرده‌اند. تشکیل وزارت بازرگانی هزینه‌های زیادی را به کشور تحمیل می‌کند. پافشاری دولت بر تشکیل وزارت بازرگانی و همراهی هیئت رئیسه مجلس در این خصوص جای تامل دارد».
همچنین عباس پاپی‌زاده، عضو کمیسیون کشاورزی مجلس هم در این خصوص به خبرگزاری فارس گفت: «هیئت رئیسه مجلس متاسفانه به دنبال تصویب و تامین نظرات دولت است، هرچند که اشتباه هم باشد. اما مجلس بر پای نظرات کارشناسی خود، ایستاده و مخالف تشکیل وزارت بازرگانی است، چون به ضرر اقتصاد کشور و بخش کشاورزی می‌باشد. اگر هم وزارت بازرگانی تشکیل شود، قانون تمرکز وظایف و اختیارات بخش کشاورزی در وزارت جهاد کشاورزی (قانون تمرکز) نباید ملغی شود. اختیارات صادرات و واردات محصولات کشاورزی و مواد غذایی باید در وزارت جهاد کشاورزی باشد. در همین راستا اجازه ندادیم پیشنهاد دولت تصویب شود و طرح مذکور مجددا به کمیسیون اجتماعی ارجاع داده شد».
به اعتقاد بسیاری از کارشناسان، طرح تشکیل وزارت تجارت و خدمات بازرگانی مغایرت‌های فراوانی با اسناد بالادستی دارد و آسیب‌های زیادی به تولیدکنندگان به‌خصوص در حوزه کشاورزی وارد می‌کند.