به دلیل انحلال پژوهشکده حفاظت خاک و آبخیزداری، جهانگیر پرهمت، استاد پژوهشکده حفاظت خاک و آبخیزداری در نامه‌ای سرگشاده به این تصمیم وزارت جهاد کشاورزی اعتراض کرد. متن این نامه به شرح ذیل است:
جناب آقای دکتر خاوازی
وزیر محترم جهاد کشاورزی
با سلام و عرض تبریک انتصاب جنابعالی به سمت وزیر جهاد کشاورزی
خبر منتشره غیر رسمی در سایت‌های مجازی با سربرگ سازمان امور استخدامی کشور مبنی بر ادغام پژوهشکده حفاظت خاک و آبخیزداری در مؤسسه تحقیقات جنگل‌ها و مراتع در هفته اول انتصاب جنابعالی تیر خلاصی به وضعیت به هم ریخته مدیریت سرزمین در کشور است و نشان‌دهنده عدم توجه به اهمیت و جایگاه موضوع بسیار حیاتی آبخیزداری و آبخوانداری در کشور است.
امروزه جای جای این کشور در معرض سیل، تخریب و فرسایش خاک، بحران‌های خشکسالی، ناهماهنگی در بهره برداری از منابع آب و خاک کشور و افت سطح آب در آبخوانها کشور است. از یک طرف سیل خانمان سوز شده است و از طرف دیگر کم آبی بحران آفرینی می‌نماید. در چنین شرایطی حذف تنها مجموعه پژوهشی که از افتخارات آن صف شکنی در مسائل پیچیده منابع پایه زیستی و طبیعی و مدیریت اصولی آبخیزها در قالب آبخیزداری و آبخوانداری است، ضربه جبران ناپذیری را به زیرساختهای طبیعی تولید و حفاظت، پایداری و سلامت حوزه‌های آبخیز وارد می‌نماید.
انتظار از حضرتعالی به عنوان یک متخصص خاک‌شناسی این است که حداقل در حوضه حفاظت خاک که تنها با یک سیل ظرف چند روز در حد یک میلیارد مترمکعب رسوب از سطح حوضه‌های کرخه و کارون به پایین دست منتقل کرد موضوع حفاظت خاک و آبخیزداری را نه تنها تضعیف نفرمایید، بلکه تقویت هم بفرمائید. جای بسی تعجب است که اتفاق نامیمون در هفته اول صدارت جنابعالی اتفاق افتاده است! این بدین معنی است که با این همه معضلات موجود در بخش کشاورزی، وجود پژوهشکده حفاظت خاک و آبخیزداری در رأس اولویت حذف قرار گرفته است!
به عنوان عضو کوچکی از جامعه علمی کشور و نیز عضو کوچکی از خانواده جهاد کشاورزی به جنابعالی توصیه می‌کنم که حداقل نگذارید این موضوع به عنوان یک نکته تاریک در کارنامه صدارت جنابعالی و آنهم در اولین یا دومین هفته شروع به‌کار شما ثبت شود. مطمئن باشید که آیندگان بر این تصمیم لعن و نفرین خواهند فرستاد.