تاخیر در مرزها واضح‌ترین مانع در تجارت بین المللی است و از عمده ترین دلایل این تاخیرها می‌توان رویه‌های قدیمی ترخیص گمرکی، کاغذبازی زیاد، فقدان شفافیت در قوانین و مقررات گمرکی و روش‌های کندِ ارزیابی ریسک را نام برد.
در گمرک سنتی، خود کالاها می‌بایست از هر حیث مورد بررسی قرار گیرد. حمل و نقل دریایی انبوه کالاها که تا چند دهه قبل، تجارت بین المللی را در انحصار خود قرار داده بود، زمان کافی را برای گمرک جهت بازدید و بازرسی کالاها هم در خصوص صادرات و هم در خصوص واردات فرآهم می‌آورد.
به علاوه، در گمرک سنتی بیشتر مراحل گمرکی در یک نقطه متمرکز می‌باشد. اظهارنامه‌های صادراتی و وارداتی جهت انجام مراحل گمرکی مستلزم ارائه فرم‌های متعدد است و انجام این مراحل بدون ارائه فرم‌های کاغذی توسط شخص اظهارکننده یا نماینده او در مکان و زمان تعیین شده، توسط گمرک امکان‌پذیر نمی‌باشد.
یکی از بزرگترین موانع اداری در برابر تجارت (بویژه در زمینه تجارت با استفاده از حمل و نقل دریایی) عبارت از مقررات و رویه‌های دست و پاگیر گمرکی است که نتوانسته با گسترش و افزایش پیچیدگی تجارت همگام باشد.
افزایش حجم تجارت جهانی در طول چند دهه گذشته تاثیر به سزایی بر حجم عملیات گمرک در زمینه ترخیص کالا داشته است.
باید در نظر داشت افزایش حجم کالاها سبب شده که محدوده کالاهایی که گمرکات به کنترل آنها عادت کرده بودند نیز به شدت تغییر کند به طوریکه ساخت یک کالا با توجه به ترکیب آن و نیز تعیین تعرفه آن، کارشناسان را با مشکلات عدیده‌ای مواجه می‌سازد.
در این ارتباط، تاخیر در ترخیص کالاها، بنادر، فرودگاه‌ها و انبارها را با حجم انبوهی از کالاهای ترخیص نشده، متروکه یا رسوبی مواجه خواهد ساخت که باعث افزایش زیان خواب سرمایه می شود. در صورتیکه گمرکات نتوانند کالاها را به سرعت ترخیص کنند، با مشکلاتی مواجه خواهند شد.
استفاده از فناوری اطلاعات و ارتباطات می تواند این مشکلات را کاهش دهد و زمینه را برای اجرای مطلوب این سازمان فرآهم آورد، لذا امروزه در بسیاری از کشورهای جهان استفاده از سیستم گمرک الکترونیک به منظور تسهیل تجارت الکترونیک آغاز شده است.
با راه اندازی سامانه جامع گمرکی واردکنندگان، صادرکنندگان و ترانزیت کنندگان می‌توانند، در تمام طول شبانه روز بدون مراجعه حضوری به گمرک و از دفاتر خود خدمات را دریافت کنند.
بر اساس این گزارش، افزایش صحت فعالیت‌ها و کاهش هزینه ها از دیگر مزایای راه اندازی این سامانه است که با راه اندازی سامانه جامع گمرکی 90 درصد فعالیت ها الکترونیکی می‌شود.
کاهش خطا و افزایش سرعت عمل با الکترونیکی شدن گمرکات
"سیده فاطمه مقیمی" عضو هیئت نمایندگان اتاق بازرگانی ایران در گفتگو با خبرنگار باشگاه خبرنگاران، با اشاره به تاثیر الکترونیکی شدن گمرکات در تسهیل تجارت گفت: امروز با حرکت به سمت الکترونیکی شدن رویه‌ها و فرایندها شاهد حضور کمتر نیروی انسانی هستیم که این امر تاثیر خوبی در همه ابعاد دارد.
وی افزود: با دیدگاه رییس کل گمرک و با امکانات ارایه شده و آموزش بخشهای مختلف قطعا به مطلوبیت لازم با الکترونیکی شدن گمرکات دست می‌یابیم و البته در حال حاضر نیز شاهد تغییرات خوبی در این بخش هستیم.
مقیمی تصریح کرد: الکترونیکی شدن گمرکات موجب افزایش سرعت عمل و نیز کاهش خطا می‌شود.
عضو هیئت نمایندگان اتاق ایران افزود: با توجه به این که جهان به سمت تجارت الکترونیکی در حال حرکت است الکترونیکی شدن گمرکات قدم مثبت در تسهیل تجارت است.
از بین رفتن فرصت برای امضاهای طلایی با الکترونیکی شدن گمرکات
"مجیدرضا حریری" رییس کمیسیون مدیریت واردات اتاق بازرگانی ایران در گفتگو با خبرنگار باشگاه خبرنگاران، با اشاره به این که الکترونیکی شدن گمرکات در عصر حاضر اجتناب ناپذیر است گفت:بشر به این نتیجه رسیده است که سیستمهای مکانیزه سبب تسریع کارها و کاهش خطا می‌شود.
وی افزود: یکی از معیارهای رتبه کسب و کار مقررات بر سر راه تجارت فرامرزی است و می‌توان به گمرک به عنوان یک گلوگاه اشاره کرد که معطلی برای ورود اطلاعات در دفعات متعدد پیش می‌آید.
حریری تصریح کرد: قبل از الکترونیکی شدن گمرکات زمان ورود کالا به کشور 27 روز بوده و الان این زمان تنها 7 روز است که با برنامه‌های گمرک این زمان روز به روز در حال کاهش است.
به گفته عضو هیئت نمایندگان اتاق بازرگانی ایران، الکترونیکی شدن رویه‌ها در گمرک موجب کاهش زمان معطلی و از بین رفتن کاغذبازی شده است.
وی در ادامه تاکید کرد: احتمال تخلف در زمان رو به رو شدن صاحب کالا و مامور گمر ک نیز وجود داشت که به توجه به اینکه با الکترونیکی شدن حضور فیزیکی کمتر شده است فرصت برای امضای طلای و تشخیص فردی نیز کاهش یافته که این موضوعی بسیار مهم در سلامت اداری و شفافیت است.
حریری افزود: هر میزی که از سر راه مردم و فعالان اقتصادی برداشته شود یک درجه به سلامت اداری و مبارزه با فساد افزوده می‌شود که این امر در سایه الکترونیکی شدن محقق می‌شود.