هیئت وزیران در جلسه ۶ بهمن ۱۳۹۸ به پیشنهاد دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد تجاری – صنعتی و ویژه اقتصادی و به استناد اصل یکصد و سی و هشتم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران ماده (۱۵) مقررات صادرات، واردات و امور گمرکی مناطق آزاد تجاری - صنعتی جمهوری اسلامی ایران موضوع تصویب‌نامه شماره ۳۳۴۳۱/ ۲۴ مورخ ۱۶ خرداد ۱۳۷۳ و اصلاحات بعدی آن، را اصلاح کرد.
بر اساس این اصلاحیه، هرگاه پس از ترخیص کالا معلوم شود وجوهی که وصول آن به عهده سازمان می‌باشد بیشتر یا کمتر از آنچه مقرر بوده دریافت شده است، سازمان و صاحب کالا می‌توانند ظرف شش ماه از تاریخ امضای سند ترخیص کالای مورد بحث، حسب مورد مابه‌التفاوت را از یکدیگر مطالبه و دریافت نمایند.
در صورتیکه بخشی از وجوه دریافتی بابت ورود کالای موضوع ماده (۶۶) قانون امور گمرکی – مصوب ۱۳۹۰- با اصلاح بعدی آن توسط سازمان وصول شده باشد و گمرک جمهوری اسلامی ایران در اجرای ماده (۶۸) قانون یادشده مراتب استرداد وجوه دریافتی را به سازمان اعلام نماید، سازمان مکلف است حسب درخواست ذی‌نفع، ظرف پانزده روز پس از اعلام گمرک جمهوری اسلامی ایران نسبت به استرداد وجوه مذکور اقدام نماید. مهلت درخواست استرداد وجوه دریافتی، با توجه به حکم مقرر در تبصره (۴) ماده (۶۶) قانون مذکور، سه سال از تاریخ امضای پروانه یا پته گمرکی کالای ورودی خواهد بود.
هم‌چنین، سازمان‌های مناطق آزاد تجاری – صنعتی باید همه ساله اعتبار لازم را برای استرداد، در بودجه سالانه منظور نمایند و پرونده‌های مرتبط با موضوع تا زمان ابلاغ این تصویب نامه، امکان استرداد را با تأیید دبیرخانه شورای عالی خواهند داشت.