چالشی که با حذف ارز نیمایی به شکر تا حدودی برطرف شد. در این زمینه باید این نکته را در نظر گرفت که تخصیص ارز دولتی برای واردات شکر موجب سرکوب تولید داخل می‌شد. از سوی دیگر تولید داخل تحت تاثیر تورم افزایش نرخ داشته و اختصاص ارز دولتی به واردات شکر موجب شد تا تولید داخل توان رقابت با محصول وارداتی را نداشته باشد. با این شرایط با حذف ارز دولتی نرخ شکر به واقعی شدن نزدیک شد و این امکان را به وجود آورد تا کارخانه‌ها محصولات خود را با نرخ واقعی‌تر عرضه کنند. هرچند در این میان ذکر این نکته لازم است که با حذف ارز نیمایی ما شاهد نوسانات بسیاری در بازار قند و شکر بودیم؛ به‌طوری‌که دولت در سال ۹۹ بر مبنای ارز نیمایی قیمتی را برای کارخانه‌های شکر تعریف کرد که از این پس تولیدکنندگان باید شکر را براساس نرخ مصوب به خریداران عرضه کنند و در حال حاضر قیمت هر کیلو شکر از محل درب کارخانه ۶۳۰۰ تومان تعیین شده است؛ در حالی که قیمت شکر سال گذشته ۴۰۵۰ تومان بود که این روش نیز چالش‌های جدیدی را به وجود آورد؛ چرا که نرخ‌گذاری دولتی و دستوری به صورت خود به خود، به‌هم خوردن بازار را به همراه خواهد داشت.
از سوی دیگر این نکته را نیز باید در نظر گرفت که حذف ارز دولتی باعث شد تا تولید چغندر قند و توسعه کارخانه‌های فرآوری و توسعه تولید افزایش یابد؛ به‌طوری‌که بلاتکلیفی نرخ ارز برای واردات بذر چغندر و ماشین‌آلات صنعتی و موارد مشابه سرمایه‌گذاران در این صنعت را در تنگنا قرارداد. به همین منظور چغندرکاران درخواست افزایش نرخ خرید دولتی را مطرح کردند که با این درخواست موافقت شد و به این طریق برای سال زراعی 99-98 قیمت خرید تضمینی هر کیلوگرم چغندر قند پاییزه به 5 هزار و 900 ریال به اضافه یک هزار ریال کرایه حمل و نقل و خرید رسید. از سوی دیگر قیمت تضمینی چغندر بهاره نیز 6 هزار و 24 ریال با ۵۰۰ ریال کرایه حمل و نقل تعیین شد که این رقم با توجه به شرایط فعلی باید افزایش یابد.
صنایع قند و شکر اصولا قدمتی چند ده ساله دارند و آنچه مسلم است برای افزایش راندمان باید بازسازی این صنعت به صورت ویژه در دستور کار قرار گیرد. در این خصوص باید گفت برای تولید خوب و افزایش آن لازم است صنعت بازسازی و به روز شود. وقتی این اتفاق نمی‌افتد این صنعت قدیمی فرسوده تر شده و در نهایت از بین خواهد رفت و کالای استراتژیکی مثل شکر وقتی در داخل کشور تولید نشود مشکلات عدیده‌ای پیش خواهد آورد از جمله این مشکلات می‌توان به بیکاری تعداد کثیری از کارگران شاغل فعلی و جذب نشدن تعداد قابل توجهی کارگر جدید اشاره کرد. از سوی دیگر این نکته را باید مدنظر قرار داد که شکر کالایی است موردنیاز برای زنده ماندن انسان و با سایر مواد غذایی قابل قیاس نیست. هر انسانی روزانه حداقل ۵۰ گرم ساکاروز برای زنده ماندن لازم دارد و هیچ شیرین‌کننده دیگری نمی‌تواند جای شکر (ساکاروز ) را بگیرد. لذا شکر در حداقل ممکن در داخل کشور باید تولید شود. به همین دلیل باید به روزرسانی کارخانه‌ها را در دستور کار قرار داد تا با بالا رفتن راندمان کارخانه هم تولید به صرفه شود و هم تولیدکننده بتواند به بازارهای صادراتی به صورت جدی‌تر نگاه کند. از دیگر مشکلاتی که این صنعت در حال حاضر با آن روبه‌رو است، می‌توان به بدهی بانکی برخی از تولیدکنندگان اشاره کرد؛ بانک‌های طرف قرارداد در کارخانه‌های قند و شکر باید نرخ سود تسهیلات پرداختی به این واحدها را کاهش دهند تا فشار وارده کارخانه‌های تولید قند و شکر اندکی کاهش یابد.
در نهایت باید این نکته را مورد توجه قرار داد که غیر از افزایش بی‌رویه ارز نوسان موجود در بازار و اختصاص نیافتن ارز مورد نیاز صنعت مشکلات موجود را پیچیده‌تر می‌کند. توجه نکردن به مشکلات تولید عوارض بی‌شماری را به دنبال خود خواهد داشت. براین نکته نیز باید تاکید کرد که چنانچه هر واحد تولیدی نتواند تسهیلات در یافتی را باز پرداخت کند، بانک مربوطه نسبت به مصادره واحد تولیدی مربوطه اقدام می‌کند و مصادره همان و توقف کارخانه همان طبق آخرین آمار ارائه شده حدود ۱۵۰۰ واحد تولیدی بزرگ و کوچک توسط بانک‌ها مصادره و متوقف شده است. این مشکل و مشکلات مشابه به افزایش تورم افزایش واردات در نهایت افزایش بیکاری در کشور دامن می‌زند و لازم است مسوولان دلسوز نظام چاره‌اندیشی کنند.