یکی از ویژگی‌های اصلی محصولات کشاورزی و مواد غذایی فسادپذیری سریع این محصولات است. به‌همین دلیل تولیدات کشاورزی پس از فرایند کاشت و رسیدن محصول، باید به‌سرعت برداشت و فرایندهای حمل و نقل، انبارداری، بازاررسانی یا فراوری آن در کوتاه‌ترین زمان ممکن انجام شود. در صورت تاخیر در هریک از فرایندهای بیان شده، محصولات فاسد و یا از بازارپسندی آن کاسته می‌شود و درصد ضایعات بالا خواهد رفت.
ضایعات محصولات کشاورزی به‌معنی اتلاف منابع تولید و سرمایه و در نتیجه زیان تولیدکننده و مصرف‌کننده است و افزایش حجم این ضایعات، مصداق بارز سهل‌انگاری و بی‌مسئولیتی متولیان است. با این وجود، همه ساله در فصول مختلف زراعی حجم زیادی از تولیدات به دلیل مدیریت نادرست زنجیره‌ی ارزش محصولات کشاورزی در کشور هدر می‌رود و محصولاتی چون پیاز، سیب‌زمینی، گوجه فرنگی، زعفران، مرکبات و غیره در استان‌های مختلف دور ریخته می‌شود. طبق نظر کارشناسان حجم ضایعات محصولات کشاورزی کشور بین 30 تا 50 درصد کل تولیدات برآورد می‌شود. این عدد برای برخی محصولات باغی یا با فسادپذیری بالا گاهی به 100 درصد نیز می‌رسد. با توجه به حجم تولید سالانه 120 میلیون تن محصول کشاورزی در کشور و در نظر گرفتن حداقل حجم ضایعات برآوردی یعنی 30 درصد، سالانه حداقل 36 میلیون تن محصول تولیدشده و آماده‌ی مصرف دور ریخته می‌شود. این حجم ضایعات برای تامین غذای 15 تا 20 میلیون نفر کافی است. با توجه به همین موضوع، مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی در گزارشی اعلام کرده بود: ارزش حجم ضایعات در بخش کشاورزی با مقدار ارز تخصیصی به واردات برابری می کند!
در حالی در فصل بهار 1399 نیز شاهد نابسامانی در بازار محصولات کشاورزی از جمله پیاز، هندوانه و گوجه فرنگی بودیم که کاهش ضایعات در زنجیره ارزش محصولات کشاورزی کاملا قابل مدیریت و برنامه‌ریزی است. یکی از راهکارهای مهم جلوگیری از ضایعات محصولات، اصلاح ساختار زنجیره‌ی ارزش محصولات در مسیر مدیریت یکپارچه و همزمان تولید، توزیع و تنظیم بازار کشاورزی است. آگاهی از زمان و مکان برداشت محصولات در فصول مختلف و پیش‌بینی آن ابزار مهمی در مدیریت بازار است. مدیریت خرید، حمل و نقل، انبارداری و توزیع محصول باید بر مبنای جدول زمانی تولید محصول در نقاط مختلف کشور صورت گیرد. این امر زمانی محقق می‌شود که مدیریت تولید و مدیریت توزیع و تنظیم بازار محصولات کشاورزی در دست یک مدیر واحد قرار گیرد.
تصویب قانون «تمرکز وظایف و اختیارات بخش کشاورزی در وزارت جهاد کشاورزی» در بهمن ماه 1391 گام مهمی برای اجرای مدیریت یکپارچه‌ی زنجیره‌ی ارزش بخش کشاورزی به شمار می‌آید. براساس این قانون، وظایف تولیدی و وظایف تنظیم بازار و تجارت محصولات کشاورزی باید در وزارت جهادکشاورزی تجمیع شود. این یکپارچه‌سازی مدیریت موجب می‌شود تا وزارت جهادکشاورزی به‌عنوان متولی تولید با شناخت درستی که از حجم و فراوانی محصولات مختلف کشت شده در سراسر کشور دارد نسبت به انجام وظایف زنجیره‌های پس از تولید شامل خرید، حمل و نقل، فراوری و بازاررسانی محصولات کشاورزی با سرعت عمل و هماهنگی بیشتری اقدام نماید؛ اما متاسفانه از مردادماه 1398 اجرای این قانون به‌صورت عجیبی توسط دولت تعلیق شده و گسست مدیریتی در این زنجیره رخ داده است. در حال حاضر پس از گذشت 11 ماه از این اقدام غیر قانونی دولت، نابسامانی‌های متعددی در بازار محصولات کشاورزی رخ داده که منجر به افزایش حجم ضایعات بخش کشاورزی شده است.