با وجود این، مشکلات و چالش‌های فعلی برای تولیدکنندگان این نان‌ها، شرایطی را ایجاد کرده که سرمایه‌گذاران این حوزه چندان تمایلی برای توسعه زیر‌ساخت‌های خود ندارند.یکی از مهم‌ترین مشکلات تولیدکنندگان این نان‌ها مربوط به بی‌ثباتی در قیمت‌گذاری و کیفیت نامطلوب در گندم و نهایتا آردهای کشور است. این موضوع مشکلی نیست که تنها مربوط به این سال‌ها باشد بلکه از گذشته در این صنعت وجود داشته است. به‌طور دقیق‌تر باید گفت در این شرایط نمی‌توان چشم‌انداز دوساله یا چندساله را برای بقای توسعه واحدهای تولیدی این نوع نان‌ها ترسیم کرد.در بحث تولید نان، مهم‌ترین آیتمی که می‌تواند در این صنعت نقش داشته باشد کیفیت گندم و آرد است. آردی که به دست تولیدکننده نان‌های حجیم و نیمه حجیم می‌رسد با توجه به تنوع و شرایط اقلیمی ایران از کیفیت متفاوتی برخوردار است.
در این زمینه به نظر می‌رسد وظیفه خطیری به عهده بخش علمی دانشگاه‌ها در صنعت کشاورزی و جهاد کشاورزی است تا بتوانیم شاهد ارتقای نان مصرفی میان مردم باشیم. بحث انتخاب بذر، کاشت، نگهداری، سم‌پاشی، برداشت، حمل، آسیابانی و نگهداری آرد باید به سمتی پیش برود که بتوانیم با ارتقای آرد تولیدی به تولید گندم محصول بهتر دست یابیم. موضوع مهم دیگر در زمینه قیمت‌گذاری بر سر نان‌های مختلف است. بسیاری از نان‌هایی که در کشور به فروش می‌رسد با حاشیه زیان برای تولیدکننده همراه است. با وجود این هیچ راهی برای تولیدکننده در زمینه افزایش قیمت‌ها وجود ندارد؛ زیرا در وهله نخست تعزیرات از رشد قیمت‌ها برای حفظ حقوق مصرف‌کننده در بازار جلوگیری می‌کند و در مرحله دوم مصرف‌کننده نان‌های گران را خریداری نمی‌کند به همین دلیل است که همواره مشکل بی‌ثباتی در قیمت‌گذاری و کیفیت نامطلوب گندم و آرد از مهم‌ترین چالش‌های این حوزه بوده و هست.حال با بیان این مطالب، باید واکاوی شود که علت این مشکلات چیست. در این میان قسمت معدودی از این مشکلات مربوط به دولت نیست و تنها به شرایط کشور باز می‌گردد.
اگر ما شاهد این هستیم که در کشوری مانند استرالیا آرد با کیفیت بالا تولید می‌شود به دلیل وسعت زمین زیر کشت آن کشور و کیفیت خاک‌های زراعی است، اما در ایران به دلیل اینکه گندم از اقصی نقاط کشور جمع‌آوری شده و هیچ گونه تفکیکی صورت نمی‌گیرد، کیفیت آرد به گونه‌ای که باید باشد نیست.در این زمینه دولت می‌تواند کمک شایانی به این صنعت مهم غذایی داشته باشد. از سال‌های گذشته تا‌کنون، خاک‌های کشاورزی در ایران از استانداردهای جهانی دور بوده است، در زمینه سم و کود مورد نیاز کشاورزان نیز همواره مشکلاتی وجود داشته است، صرف نظر از اینکه تحریم‌ها در این زمینه نقش بسزایی داشته است اما دولت می‌تواند از زمان انتخاب بذر تا زمانی که نان به دست مصرف‌کننده می‌رسد، حمایت قابل توجهی از کشاورزان و تولیدکنندگان داشته باشد.نظارت دولت در این زمینه‌ها می‌تواند باعث شود کشاورز گندم بهتری تولید کند. تولید گندم با مرغوبیت بیشتر نیز مستلزم بهبود زیرساخت‌هاست.
اگر ما بتوانیم در بحث علومی مانند خاک‌شناسی، گیاه‌شناسی، شناسایی آفات و بیماری‌ها پیشرفت محسوسی داشته باشیم، در نتیجه محصولی تولید می‌شود که توان رقابت با محصولات مشابه خارجی را خواهد داشت.در بخش دوم موضوع بسیار مهم در صنعت نان مربوط به سهمیه‌بندی آرد و تخصیص یارانه به نانوایان است، یکی از مهم‌ترین اقدامات صورت گرفته در صنعت نان در چند سال اخیر ایجاد سامانه توزیع آرد در کشور است. این سامانه باعث شد اتحادیه‌ها و انجمن‌های نانوایی بتوانند بیشتر در این صنعت همکاری داشته باشند. همچنین سامانه توزیع آرد، فضایی را ایجاد کرد تا از مصرف بی‌رویه آرد و توزیع ناعادلانه آن خودداری شود؛ به‌عنوان مثال، اگر به یک واحد تولیدی ۵۰۰ تن آرد تعلق می‌گیرد، فاکتور فروش محصول تولیدی و سیکل مصرفی آن در کارخانه کاملا مشخص است. این موضوع علاوه بر اینکه احتمال خروج آرد از کشور را تا حد زیادی کاهش می‌دهد، از توزیع رانت در حوزه آرد نیز جلوگیری می‌کند.
مشکلی که در سال‌های گذشته باعث می‌شد سرنوشت بسیاری از آردهای دریافتی مشخص نباشد.اما در مقابل، تخصیص یارانه در صنعت آرد و نان تصمیمی اشتباه بود که می‌تواند به تولید نان آسیب برساند. اینکه دولت صرفا به بهانه حمایت و آسیب نرساندن به اقشار آسیب‌پذیر جامعه، یارانه به صنعت نان اختصاص دهد کاری اشتباه است. این موضوع موجب افت کیفیت نان‌های تولیدی است؛ عرضه آرد یارانه‌ای علاوه بر اینکه منجر به رقابت نادرست در این صنعت شده است، بی‌کیفیتی نان‌های تولیدی را رقم می‌زند. تفاوت قیمت آرد به بهانه حمایت از قشر آسیب‌پذیر موجب می‌شود فرصت‌طلبان اقدام به فروش آرد ارزان دریافتی کنند؛ با این روش هیچ کمکی به کیفیت نان نمی‌کنیم.درنهایت باید گفت، راه نجات این صنعت در آزادسازی قیمت‌ها و ایجاد فضای رقابتی میان نانوایان است. در بازار رقابت بهترین تولید و بهترین قیمت ظاهر می‌شود و آنکه این سیاست را در تولید به‌کار ببرد، برنده این رقابت است.