قانون مالیات ارزش‌افزوده در سال ۸۷ تصویب شده و به‌صورت آزمایشی به اجرا درآمده اما تاکنون بسترها و زیرساخت‌های لازم برای اجرای دقیق و صحیح این قانون ایجاد نشده و شیوه فعلی اجرای آن به نوعی با بخش‌های مختلف اقتصادی به‌ویژه بخش تولید کشور، همراه و سازگار نشده است. متاسفانه سیاست دولت در این زمینه به گونه‌ای است که بخش تولید خواه‌ناخواه به انزوا کشیده شده و از رونق کسب و کار در این بخش کاسته است. از ابتدای اجرای این قانون، مودیان بسیاری از جمله تولیدکنندگان داخلی به ویژه در صنعت غذا، نسبت به نحوه اجرای آن اعتراض داشتند و در سال‌های اخیر نیز به‌دلیل به وجود آمدن شرایط رکودی در کشور، بار مشکلات ناشی از اجرای این قانون برای تولیدکنندگان تشدید شده و آثار نامطلوبی روی فعالیت‌های آنها گذاشته است.
الگوی اصلی این قانون از کشورهای پیشرفته اقتصادی وارد ایران شده است، با این حال تحریف و دستکاری در اجرای دقیق آن شرایطی را فراهم آورده است که شاهد بازخورد مثبت آن میان تولیدکنندگان نبوده‌ایم. قانون مالیات ارزش‌افزوده یا به عبارت دیگر قانون دریافت مالیات از مصرف‌کننده تاکنون در بیش از ۱۴۰ کشور اجرا شده که بازخورد آن حتی در کشورهایی که آمار قاچاق در آنها بالاست، بسیار مثبت بوده است. دلیل این موفقیت نیز فراهم کردن سازوکار لازم پیش از اجراست؛ اما متاسفانه این قانون کارآمد در ایران به بدترین شکل ممکن در حال اجراست و مشکلات بسیاری را برای تولیدکنندگان ایجاد کرده است. صنایعی مانند غذا و نساجی در تمام دنیا بالاترین میزان اشتغال‌زایی و اشتغال ثابت را دارد. میزان سرمایه‌گذاری به ازای هر نفر نیز در این صنایع نسبت به دیگر واحدهای تولیدی بسیار کمتر است؛ پس نباید سیاست‌های اقتصادی در کشور به گونه‌ای باشد که به این واحد‌ها فشار مالی زیادی وارد شود.
مهم‌ترین موضوع در بحث مالیات ارزش افزوده واحدهای صنایع غذایی، معافیت مالیاتی بخش کشاورزی است. حال اگر سرمایه‌گذاری نسبت به احداث واحد صنایع تبدیلی اقدام و موجبات ارزش افزوده و اشتغال را ایجاد کند، باید مالیات ارزش افزوده سهم‌معاف از مالیات هم پرداخت کند. به‌عنوان مثال واحد تبدیلی رب گوجه فرنگی اگر گوجه فرنگی را کیلویی هزار تومان خریداری کند، در محصول نهایی باید مالیات ارزش افزوده بخش معاف از مالیات را هم محاسبه و پرداخت کند. متاسفانه در شرایط کنونی بیش از ۶۵ درصد از مالیات کشور از بخش تولید دریافت می‌شود. این در حالی است که بسیاری از صنوف با میزان درآمدهای بالا، از پرداخت این مالیات معاف هستند. تولیدکنندگان هنگام تولید، مالیات مواد اولیه و واسطه‌ای را پرداخت می‌کنند؛ اما برای حسابرسی و اثبات میزان مصرف مواد اولیه و واسطه‌ای در کالاهای نهایی دچار مشکل می‌شوند.
در واقع تولیدکنندگان برای محاسبه و پرداخت مالیات ارزش افزوده باید به سازمان امور مالیاتی ثابت کنند که چه میزان مواد اولیه و واسطه‌ای را در کالاهای تولیدی مشمول مالیات استفاده و چه میزان را درکالاهای تولیدی معاف از مالیات مصرف کرده‌اند، علاوه بر این دولت در محاسبه مابه‌التفاوت قیمت خرید و فروش مواد اولیه معاف از مالیات، مبلغ فروش را مبنای دریافت مالیات در نظر می‌گیرد. یکی دیگر از مشکلاتی که در فرآیند اجرای قانون مالیات ارزش‌افزوده به تولیدکنندگان فشار وارد می‌کند، پرداخت ۳ ماه یک‌بار و تسویه حساب مالیات ارزش‌افزوده برای تولیدکنندگان است، به همین دلیل تولیدکنندگان از جمله تولیدکنندگان صنعت غذا، خواستار افزایش دوره پرداخت به ۶ ماه هستند، چراکه افزایش فرصت زمانی تسویه مالیات باعث حفظ نقدینگی و سرمایه در گردش آنها می‌شود. این مشکل در فروش نسیه تولیدکنندگان خود را بیشتر نشان می‌دهد.
در واقع تولیدکننده، مالیات ارزش‌افزوده کالاهای واسطه‌ای را چند ماه پیش از تولید کالای نهایی پرداخت کرده و باید بعد از گذشت زمان و تولید کالای نهایی، آن را از مصرف‌کننده دریافت کند. از سوی دیگر، به دلیل رکود موجود در بازار بخش اعظمی از فروش‌ها نسیه است و گاهی فروش‌ها با چک یکساله انجام می‌شود، بنابراین در فاصله کوتاه ۳ ماه یک بار پرداخت مالیات برای تولیدکننده مقدور نیست و متاسفانه سازمان امور مالیاتی نیز این زمان را تا ۶ ماه تمدید نمی‌کند.