براساس تبصره 4 الحاقی؛ مطابق تبصره (1) ماده (1) قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی جمهوری اسلامی ایران مصوب 5/ 9/ 1384 مجمع تشخیص مصلحت نظام تعیین محدوده جغرافیایی، طرح جامع و کالبدی، نوع و حدود فعالیت مجاز هر یک از آنها با پیشنهاد دبیرخانه شورای‌عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی و تصویب هیأت وزیران انجام می‌شود.
همچنین براساس تبصره 5 الحاقی؛ به‌منظور عدم کاهش درآمدهای مالیاتی دولت در مناطق ویژه اقتصادی که به موجب این قانون ایجاد می‌گردند صرفاً واحدهای تولیدی و معدنی که پس از ایجاد مناطق مذکور، جواز تأسیس و پروانه بهره‌برداری أخذ می‌نمایند می‌توانند از مالیات با نرخ صفر موضوع ماده (31) قانون رفع موانع تولید رقابت‌پذیر و ارتقای نظام مالی کشور مصوب 1/ 2/ 1394 با اصلاحات و الحاقات بعدی بهره‌مند شوند.