دکتر محمدرضا شمس اردکانی با حکم روح‌الله دهقانی فیروزآبادی، معاون علمی، فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان رئیس‌جمهور به‌عنوان دبیر ستاد توسعه اقتصاد دانش‌بنیان گیاهان دارویی و طب سنتی این معاونت منصوب شد.
متن این حکم به شرح زیر است:
«نظر به مراتب شایستگی و تجارب به موجب این حکم جنابعالی را به عنوان دبیر ستاد توسعه اقتصاد دانش‌بنیان گیاهان دارویی و طب سنتی منصوب می‌کنم.
با توجه به اهداف عالی این معاونت و لزوم برنامه‌ریزی و تحول در ارتقاء جایگاه کشور ماموریت‌های محوله ذیل در تعامل با معاونت توسعه اقتصاد دانش‌بنیان از جنابعالی انتظار می‌رود:
ایفای نقش حداکثری در توسعه زیست‌بوم نوآوری، فناوری و توسعه بازار دانش‌بنیان در حوزه گیاهان دارویی و طب سنتی با تکمیل زنجیره ارزش و تاکید بر مشارکت جریان‌های علمی مختلف بر اساس اسناد بالادستی، تشکیل کنسرسیوم‌های تخصصی جهت بهینه‌سازی و تنوع بخشی به سبد گیاهان دارویی و طب سنتی کشور و پیاده‌سازی پروژه‌های اقتصادی پیشران و استراتژیک در این حوزه با بهره‌گیری از ظرفیت شرکت‌های دانش‌بنیان و فناور و همکاری مرکز راهبری ستادهای ویژه توسعه اقتصاد دانش‌بنیان، ایجاد حداقل ۵ کنسرسیوم تخصصی صنعتی با ایجاد برند برتر در مقیاس ۱۰۰ شرکت برتر این حوزه با ظرفیت راهبری شرکت‌های کوچک و متوسط دانش‌بنیان و فناور و امکان توسعه زیرساخت‌های لازم جهت رقابت بین‌المللی؛ ارائه برنامه توسعه همکاری‌های اقتصادمحور در حوزه گیاهان دارویی و طب سنتی با کلیه دستگاه‌ها و سازمان‌های مرتبط دولتی و بازیگران بخش خصوصی با نگاه بلند مدت و ایجاد ارزش افزوده بالا در بهره‌برداری حداکثری از توان و زیرساخت‌های موجود؛ ارتقای مشارکت و همکاری نخبگان در شناسایی و حل مسائل و مشکلات حوزه گیاهان دارویی و طب سنتی با همکاری تنگاتنگ سایر ارکان تصمیم‌ساز تصمیم‌گیر و اجرایی دولتی و خصوصی؛ توجه جدی به نفوذ فناوری‌های تحول‌آفرین در بخش گیاهان دارویی با نگاه ویژه به پالایشگاه‌های خالص‌سازی و تولید متابولیت‌های ثانویه گیاهان دارویی؛ حمایت از توسعه مراکز ملی، آموزشی تحقیقاتی و درمانی طب سنتی با هماهنگی‌های فرادستگاهی از درگاه خداوند متعال دوام توفیقات جنابعالی را در پیروی از منویات حکیمانه رهبر معظم انقلاب اسلامی و سیاست‌های دولت مردمی خواستارم.»
به نقل از معاونت علمی ریاست‌جمهوری، محمدرضا شمس اردکانی، دانش‌آموخته دکترای عمومی داروسازی از دانشگاه علوم پزشکی اصفهان و دکترای تخصصی داروسازی از دانشگاه برادفورد انگلستان و در حال حاضر استاد تمام دانشگاه علوم پزشکی تهران است.
به‌عنوان مهم‌ترین فعالیت‌ها در کارنامه کاری وی می‌توان به تاسیس نخستین دانشکده طب سنتی در دانشگاه علوم پزشکی تهران، ریاست اداره کل طب ایرانی و مکمل وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، دبیری کمیسیون سلامت و پزشکی دبیرخانه شورای عالی انقلاب فرهنگی، معاونت غذا و داروی دانشگاه علوم پزشکی تهران و تالیف کتاب‌های متعدد در حوزه طب سنتی، گیاهان دارویی و داروهای طبیعی و انجام پژوهش‌های بسیار در این زمینه اشاره کرد.