در صنعت و فرآورده‌های گوشتی موضوع ارزش افزوده باعث شده تا بسیاری از تولیدکنندگان بارها مراتب اعتراض خود را به گوش دولتمردان برسانند.
به‌طور کلی مشکلات در زمینه مالیات ارزش افزوده در این زمینه را می‌توان در سه بخش مجزا این چنین بیان کرد. موضوع اول نرخ ثابت این مولفه برای کالاهای غیر مرتبط است همان‌طور که پیش‌تر اشاره شد الگوی اجرایی مالیات ارزش افزوده از سمت کشورهای پیشرفته به ایران آمده است. با این حال ارزش افزوده به نحوی که در ایران اجرا می‌شود تفاوت‌های بسیاری با الگوی اصلی دارد. به‌عنوان مثال لوازم خانگی به‌طور میانگین هر ۱۵ سال یک‌بار تعویض و خریداری می‌شود. این کالا در حال حاضر ارزش افزوده‌ای معادل ۹ درصد دارد. با وجود این نرخ ارزش افزوده برای کالاهای خوراکی مانند فرآورده‌های گوشتی و... نیز که مشمول خرید روزانه است، همان ۹ درصد محاسبه می‌شود. این در حالی است که به‌طور معمول در کشورهای پیشرفته مواد غذایی یا معاف از مالیات ارزش افزوده هستند، یا نسبت به کالاهایی نظیر پوشاک و لوازم خانگی ارزش افزوده کمتری دارند.
مورد دوم مربوط به اجرای خلاف جهت معمول این قانون است. متاسفانه قانون‌گذار در این زمینه به نحوی عمل کرده که مشکلات متعددی را برای بسیاری از تولیدکنندگان به وجود آورده است. در تمام دنیا زمانی‌که کالا به مصرف‌کننده داده می‌شود ارزش افزوده از مشتری نهایی دریافت می‌شود. اما در ایران بسیاری از تولید‌کننده‌ها موظف هستند ارزش افزوده را پرداخت کنند. این به آن معناست که در زمان تولید کالا و درب کارخانه، شرکت‌ها موظف به پرداخت ارزش افزوده هستند. این موضوع طی سال‌های اخیر باعث شده است تا بسیاری از کارخانه‌های تولیدی برای جبران خسارت، به سمت و سویی حرکت کنند که عبور از قانون محسوب می‌شود.
مورد سوم درخصوص تخصیص معافیت مالیاتی در کارخانه‌های مختلف است. در جزئیات اجرایی این قانون آمده است مواد کشاورزی و مواد دامی از پرداخت ارزش افزوده معاف هستند، این در حالی است که در زمان تولید محصولات فرآوری شده مانند فرآورده‌های گوشتی معافیتی وجود ندارد. در این زمینه دولت می‌گوید کارخانه‌های تولید‌کننده مواد ترکیبی مانند سوسیس، کالباس، همبرگر، کنسرو و...، موظف به پرداخت کل ارزش افزوده ۹درصد هستند. در حال حاضر تولیدکنندگان مختلف با چنین مشکلاتی دست به گریبان هستند که توان تولیدی آنها را کاهش داده است. طی مدت اخیر مکاتبات بسیاری با مجلس شورای اسلامی و دیگر نهادهای مربوطه صورت گرفته است. در کمیسیون اقتصادی مجلس این موضوع مطرح شده اما متاسفانه تاکنون ترتیب اثر ملموسی داده نشده است. از سوی دیگر این معضلات فضای کسب و کار تولیدکنندگان را نیز تحت‌الشعاع قرار داده است. صنوف مختلف تولیدی طی این مدت متحمل ضررهای بی‌شماری شده‌اند و اگر این موضوع به همین نحو ادامه یابد، بسیاری از صنایع، امیدی به رشد و شکوفایی در آینده ندارند. در صورتی که این‌گونه فرآورده‌ها بیشترین وعده غذایی و مصرفی قشر متوسط و کم‌درآمد را شامل می‌شود.
در این شرایط به نظر می‌رسد چند راه حل اساسی وجود داشته باشد که منجر به اجرای صحیح قانون مالیات ارزش افزوده شود. دولت می‌تواند در اولین قدم معافیت مالیاتی ارزش افزوده را برای شرکت‌هایی که مواد خام را فرآوری می‌کنند اعمال کند. این موضوع حاشیه سود این شرکت‌ها را افزایش داده و با کاهش هزینه‌ها رونق کسب و کار را به همراه دارد. همچنین قانون‌گذار باید تدبیری بیندیشد تا ارزش افزوده از مصرف‌کننده نهایی دریافت شود. بسیاری از مشکلات واحد‌های تولیدی در نهایت مربوط به همین موضوع است. در تمام دنیا و در کشورهای پیشرفته روال قانونی به شکلی است که خریدار و مشتری در هنگام خریداری محصول مالیات ارزش افزوده را پرداخت می‌کنند. آنچه گفته شد به معنی افزایش سرمایه‌گذاری و افزایش رشد اقتصادی خواهد بود؛ ضمن آنکه قدمی هر چند کوچک برای تسهیل صادرات نیز به شمار می‌رود؛ بسیار مهم است که کشورهای در حال توسعه به جای اتکا به بازارهای داخلی (تقاضای داخلی) بازارهای خارجی را مورد هدف خود قرار دهند (درست مانند چین) که در راستای این هدف، یکی از کارهایی که می‌توان انجام داد همین اجرای درست و صحیح قانون مالیات ارزش افزوده است.
با وجود این در بهتر اجرا شدن قانون مزبور، همکاری اصناف بسیار مهم است؛ زیرا اصناف در نقطه تماس مصرف‌کننده با کالاهای تولید شده قرار دارند و بخش قابل توجهی از مالیات مزبور از این ناحیه تامین می‌شود. یکی از نگرانی‌های اصناف در اجرای قانون مالیات ارزش افزوده آن است که تصور می‌کنند به دلیل کاهش سطح مصرف عموم مردم، درآمد آنها کاهش خواهد یافت. در صورتی که اگر با نگاه بلندمدت به این موضوع توجه شود، مالیات ارزش افزوده، منافع اصناف را نیز تامین خواهد کرد؛ زیرا در بلندمدت موجب افزایش رشد اقتصادی و افزایش درآمد عموم مردم شده، بنابراین بر تعداد مشتریان اصناف اضافه خواهد شد.