آمارها نشان می‌دهد رونق تولید در کارخانه‌های تولیدکننده محصولات غذایی در یکسال اخیر دستخوش تغییرات جدی شده است. تعدد چالش‌ها در مقابل رونق، تولیدکننده‌ها را به سمتی هدایت کرده است که بسیاری از آنها نه تنها به فکر رونق تولید نیستند، بلکه تنها به بقای مجموعه خود فکر می‌کنند.
اخذ مالیات ارزش افزوده از تولیدکننده، کمبود مواد اولیه و افزایش قیمت بی رویه این محصولات، مشکلات ارزی و تبادلات بانکی، قیمت‌گذاری دستوری بر مواد غذایی تنها تعدادی از مشکلات این صنعت است که به نظر می‌رسد دولت این روزها توجه جدی به آن ندارد. با توجه به اینکه صنایع غذایی، به‌عنوان یک پیشران مهم صادراتی در کشور مطرح است، نیاز است تا توجه مسوولان ذی‌ربط به این مقوله پیش از هر زمان دیگری باشد. در زمانی که کشور با تحریم‌های چندجانبه دست و پنجه نرم می‌کند، باید توجه داشت این صنعت می‌تواند راه گریزی باشد برای رونق اقتصادی هر چه بیشتر. با این وجود، همان‌طور که گفته شد چالش‌ها تاکنون نگذاشته‌اند پتانسیل واقعی صنعت غذای ایران رونمایی شود. یکی از مواردی که بارها کارشناسان و صاحبنظران صنعت غذا به آن اشاره کرده‌اند، مربوط به مالیات ارزش افزوده است. مالیاتی که نه تنها بسیاری از تولیدکننده‌ها را فلج کرده، بلکه تبعات سنگینی برای اقتصاد کشور داشته است.
با وجود اینکه همواره اظهار می‌شود مالیات ارزش افزوده باید از مشتری نهایی دریافت شود، اما متاسفانه سیستم اخذ مالیات و دارایی در کشور ما به‌گونه‌ای است که تولیدکننده در اولین مرحله تولید یعنی خرید مواد اولیه باید آن را پرداخت کند. در این خصوص گردش سرمایه و بازگشت آن به سمت تولیدکننده به حدی طولانی مدت است که عملا سرمایه شرکت را کاهش می‌دهد. از سوی دیگر، تامین مواد اولیه یکی دیگر از مشکلات کلیدی حوزه غذا به شمار می‌رود. با توجه به اینکه در چرخش تولید محصولات غذایی، وابستگی بسیاری به مواد اولیه احساس می‌شود، دولت کماکان نتوانسته راهکار مناسبی برای تهیه این مواد اتخاذ کند. در یکسال اخیر به کرات دیده شده است که دولت برنامه‌های صادراتی محصولات کشاورزی را به یکباره اتخاذ کرده است. این تصمیمات که بدون مشورت با هیچ نهاد تولیدکننده‌ای گرفته می‌شود، علاوه بر اینکه قیمت‌ها را در بازار افزایش می‌دهد، بسیاری از این محصولات را کمیاب می‌کند.
تورم ناشی از صادرات بر مواد اولیه به گونه‌ای است که حاشیه سود شرکت‌ها را با افت جدی همراه ساخته است. این مهم در حالی رخ می‌دهد که نحوه قیمت‌گذاری بر محصولات غذایی به هیچ عنوان با مشورت تولیدکنندگان رخ نمی‌دهد. یعنی دولت با فرمول‌های از پیش تعیین شده قیمت‌ها را اعلام می‌کند و تولیدکننده‌ها مکلفند از همین رویه پیروی کنند. علاوه بر اینکه این موضوع زمینه‌های رقابت میان تولیدکنندگان را از بین برده است، قیمت‌های ذاتی و واقعی را دور از دسترس کرده است. همواره در یک اقتصاد سالم قیمت‌گذاری‌ها بر اساس عرضه و تقاضا مشخص می‌شود. این موضوع علاوه بر اینکه قیمت‌ها را به سمت ارزش واقعی هدایت می‌کند، می‌تواند باعث شود تا انگیزه تولیدکنندگان برای تولید محصول باکیفیت‌تر، بیشتر شود. اما چالش دیگر که به تحریم‌ها و محدودیت‌های بین‌المللی مربوط می‌شود، روابط بانکی و نقل و انتقال پول را برای فعالان اقتصادی با مشکل مواجه کرده است.
این مشکل باعث شده بخشی از نیازهای وارداتی صنایع غذایی به ویژه نهاده‌های دامی که مشمول تخصیص ارز دولتی هم هستند در مرحله انتقال پول موانع متعددی را پیش‌رو داشته باشند. در واقع از آنجا که بخش قابل توجهی از مواد اولیه صنایع غذایی کشور وابسته به خارج است، دور جدید تحریم‌ها به‌عنوان وزنه سنگین دیگری در کنار برخی سیاست‌های داخلی به پای صنایع غذایی بسته شده است. شاید مهمترین نقاط هدف تحریم‌ها در تجارت خارجی کشور، شامل محدودیت‌های انتقال پول، بیمه و حمل و نقل می‌شود، محدودیت‌هایی که یکی از بازتاب‌های آن ایجاد مشکل در تامین مواد اولیه خطوط تولید داخلی است. تمام این تفاسیر تنها بخشی از مطالبات و خواسته‌های بخش تولیدکننده محصولات غذایی از دولت است. به‌طور اجمالی، باید بیان شود بزرگ‌ترین کمکی که دولت می‌تواند به این بخش مهم اقتصادی داشته باشد، افزایش نظارت‌ها و حضور پررنگ تر بخش خصوصی در تصمیم‌گیری‌های مهم است. همچنین سیاست‌گذاران باید با بازنگری در سیاست‌های تجاری و ارزی، فضا را برای تسهیل ورود کالا و مواد مورد نیاز تولید فراهم کنند. کارشناسان معتقدند سیاست‌گذار با این تغییر رویکرد می‌تواند ضمن بهبود فضای داخلی تولید و کسب و کار تا حدودی از اثرات تحریم‌های خارجی نیز بکاهد.