یکی از ویژگی‌های بخش کشاورزی، به دلیل تأثیرپذیری از عوامل جغرافیایی، اقلیمی و جوی کنترل‌ناپذیر، ریسک بالای تولید در آن است که همواره تهدیدی جدی برای فعالیت در بخش کشاورزی بوده و سرمایه‌گذاری در این بخش را برای صاحبان اندیشه تولید و سرمایه، پرمخاطره و عرضه کالا را برای مصرف‌کنندگان محصولات کشاورزی پرنوسان کرده است.
با وجود تأکید اسناد بالادستی در زمینه حمایت از سرمایه‌گذاری از جمله سیاست‌های کلی نظام در بخش تشویق سرمایه‌گذاری (مصوب 1382/09/08 مجمع تشخیص مصلحت نظام)، وجود خلأهای قانونی در زمینه کاهش ریسک و کمک به افزایش تولید در بخش کشاورزی یا تفسیرها و اعمال سلیقه‌ای قوانین، موجب شده است سرمایه‌گذاران و تولیدکنندگان رغبت کمتری برای ورود به بخش کشاورزی داشته باشند.
وجود موانع اداری و قانونی در زمینه راه‌اندازی کسب‌وکار
تسهیل فرایندهای راه‌اندازی کسبوکارها، از قبیل کاهش زمان اخذ مجوز و استعلامات مربوطه، یکی از الزامات اساسی کمک به رونق تولید در بخش کشاورزی است و این امر منجر به ایجاد و توسعه بنگاه‌های کسب‌وکار و به تبع آن اشتغال‌زایی و درآمدزایی برای کارآفرینان و جوانان علاقه‌مند می‌شود. ولی مشکلات مهمی در این زمینه به ویژه در بخش کشاورزی وجود دارد که در ادامه به برخی از آنها اشاره می‌شود:
ضعف تعامل و عدم یکپارچگی مناسب بین نهادهای متولی صدور مجوز تأسیس
یکی از مراحل اساسی اقدام برای راه‌اندازی یا توسعه یک کسب‌وکار رسمی، دریافت مجوزهای لازم از دستگاههای اجرایی مرتبط است. اما در این مسیر چالش‌های متعددی وجود دارد که سبب پیچیده‌تر و زمان‌بر شدن بوروکراسی اداری و افزایش هزینه‌های تولید برای سرمایه‌گذاران شده است و به عنوان سدی سر راه جذب سرمایه‌گذاران در مسیر تولید به شمار می‌رود. یکی از این چالش‌ها، وجود نهادهای موازی و متعدد در بستر بخشی‌نگری و عدم تعیین و تفکیک شفاف وظایف است که سبب اتلاف توان (اعم از وقت و هزینه) سرمایه‌گذاری در بخش کشاورزی می‌شود.
در مسیر اخذ مجوز فعالیت، 16 دستگاه مختلف در صدور استعلام‌های مرتبط با کسبوکارها و فعالیت‌های کشاورزی اعمال‌نظر می‌کنند که عبارتند از: سازمان امور اراضی، سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخیزداری؛ سازمان حفاظت محیط زیست، سازمان نظام مهندسی کشاورزی و منابع طبیعی، سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری، سازمان امور شهرداری‌ها و دهیاری‌ها، بخشداری، اداره گاز، اداره آب منطقه‌ای، اداره مخابرات، اداره برق، اداره اوقاف و امور خیریه، سازمان دامپزشکی، اداره بهداشت و درمان، اداره دارایی و مالیات، اداره کار و امور اجتماعی.
البته به تناسب نوع فعالیت مورد تقاضا، دستگاههای دیگری نیز به این لیست اضافه می‌شوند که به نوبه خود فرایند اخذ استعلام‌های مورد نیاز و صدور مجوز را با دشواری‌هایی مواجه می‌کند. علاوه بر این در بیشتر موارد، بین این دستگاههای مختلف در زمینه ضوابط مورد عمل برای اعطای مجوز، هماهنگی لازم وجود ندارد و هر یک از این دستگاه‌ها به صورت مستقل ضوابط خود را اعمال می‌کنند.
تعدد آیین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌های بعضاً متناقض در زمینه صدور مجوز، الزام سرمایه‌گذار به اخذ استعلام‌های غیرضروری، وجود قوانین دست‌‌وپاگیر و دستورالعمل‌های بازدارنده و غیرمنعطف در زمینه زیرساخت‌های لازم برای راه‌اندازی کسب‌وکار و وجود فساد در برخی دستگاههای متولی صدور مجوز، بر سر راه کارآفرینان و سرمایه‌گذاران بخش کشاورزی دیگر چالش‌هایی است که سرمایه‌گذاران در بخش کشاورزی با مشکل مواجه کرده است. این در حالی است که طبق تبصره «2» ماده (2) (قانون تشکیل وزارت جهاد کشاورزی مصوب 1379/10/06 با اصلاحات و الحاقات بعدی «به منظور صرفه‌جویی در هزینه‌ها و پاسخگویی سریع به مردم و جلوگیری از کارهای موازی و دوباره‌کاری، وزارت جهاد کشاورزی موظف است کلیه مراکز اداری بخش کشاورزی را در مراکز استان، شهرستان و بخش در سازمان واحدی متمرکز نماید».
با وجود این، چالش‌های فوق‌‌الذکر نشان می‌دهد وزارت جهاد کشاورزی نتوانسته به صورت مناسب در پیشبرد اهداف مدنظر این ماده، موفق عمل کند.