استرداد مالیات ارزش‌افزوده صادرکنندگان پس از منوط کردن این امر به رفع تعهد ارزی صادرکنندگان، مشکلاتی را به وجود آورد که موجب شد تا صدای اعتراض این گروه از فعالان اقتصادی از تریبون‌های مختلف در این خصوص بلند شود. البته سازمان امور مالیاتی توپ را در زمین بانک‌مرکزی انداخت و اعلام کرد که لیست صادرکنندگانی که رفع تعهد ارزی کرده‌اند، با تاخیر به این سازمان می‌رسد و از این رو استرداد مالیات نیز روند کندی دارد. حال در جدیدترین بخشنامه، قرار بر آغاز استرداد مالیات ارزش‌افزوده صادرکنندگان شده است.
سازمان امور مالیاتی در بخشنامه‌ای، جزئیات شیوه بازگشت مالیات ارزش‌افزوده صادرکنندگان برای صادرات سال ۹۷ را ابلاغ کرده و در متن این بخشنامه آمده است: «نظر به اینکه اطلاعات نهایی بازگشت ارز حاصل از صادرات صادرکنندگان در عملکرد سال ۱۳۹۷ به تفکیک نام صادرکنندگان (اشخاص حقیقی و حقوقی)، شماره یا شناسه ملی و میزان ارزی(یورو) صادرات به همراه میزان برگشت ارز(یورو) به چرخه اقتصادی کشور توسط صادرکنندگان توسط بانک‌مرکزی جمهوری اسلامی ایران اعلام شده است. بنابراین مقرر می‌شود ادارات امور مالیاتی رسیدگی به پرونده‌های مالیاتی صادرکنندگان را در اولویت قرار داده و در رسیدگی به پرونده‌های مالیات ارزش‌افزوده دوره چهارگانه سال ۱۳۹۷ صادرکنندگان در ابتدای امر اعتبار مالیاتی(مالیات و عوارض ارزش‌افزوده پرداختی بابت خرید کالاهای صادر شده از مودیان مشمول نظام مالیات ارزش‌افزوده) را مورد بررسی قرار داده و مبلغ اعتبار مالیاتی قابل پذیرش را تعیین کنند. سپس با مراجعه به سامانه ویرایش و استخراج اطلاعات مودیان مالیاتی براساس نسبت مندرج در فیلد درصد اعتبار مالیاتی قابل استرداد/ درصد بهره‌مندی از نرخ صفر مالیاتی که در سامانه مذکور درج شده، میزان مالیات و عوارض ارزش‌افزوده قابل استرداد را تعیین و با رعایت سایر مقررات مسترد کنند. همچنین در رسیدگی به پرونده‌های مالیات بر عملکرد نیز اعمال هرگونه نرخ صفر و معافیت‌های مالیاتی برای درآمدهای حاصل از صادرات کالا و خدمات باید براساس همین درصد صورت پذیرد.ضمنا درصد اعتبار مالیاتی قابل استرداد و درصد بهره‌مندی از نرخ صفر مالیاتی متناسب با میزان برگشت ارز براساس بسته سیاستی رفع تعهد ارز صادراتی سال ۱۳۹۷ صادرکنندگان به‌صورت سیستمی محاسبه و در فیلد درصد اعتبار مالیاتی قابل استرداد/ درصد بهره‌مندی از نرخ صفر مالیاتی نمایش داده شده است. بنابراین از تاریخ صدور این دستورالعمل نیازی به محاسبات تعیین درصد استرداد مالیات و عوارض ارزش‌افزوده موضوع ماده ۱۳ قانون مالیات ارزش‌افزوده و درصد اعمال نرخ صفر مالیاتی با رعایت مقررات مربوط برای تعیین مالیات بر درآمد ناشی از صادرات نیست. همچنین مفاد نامه شماره ۴۰۲۰/ ۲۶۹/ د مورخ ۲۸/ ۸/ ۱۳۹۸ دفتر رسیدگی و استرداد مالیات ارزش‌افزوده کان‌لم‌یکن تلقی می‌شود. علاوه بر این در راستای تکریم مودیان مالیاتی و ضرورت اطلاع‌رسانی به ایشان، صادرکنندگان می‌توانند از طریق پرتال ثبت‌نام به نشانی www.tax.gov.ir با استفاده از شناسه و رمز عبور خود با ورود به منوی رفع تعهد ارزی صادرکنندگان درصد اعتبار مالیاتی قابل استرداد و درصد بهره‌مندی از نرخ صفر مالیاتی خود را مشاهده کنند.»