پس از حواشی که در مسیر صدور کارت‌های بازرگانی با محوریت اتاق بازرگانی به وجود آمد و تحت تاثیر تعهدات ارزی و لزوم بازگشت ارز، نظارت بر عملکرد این کارت‌ها افزایش یافت، دولت اعلام کرد که خود نقش محوری را را تایید و توزیع این کارت‌ها ایفا خواهد کرد.
تا پیش از این فعالان اقتصادی پس از دریافت تاییدیه‌های لازم از سوی نهادهای دولت برای دریافت کارت خود به اتاق بازرگانی مراجعه می‌کردند اما در چارچوب طرحی که از ابتدای مرداد اجرایی شد، سامانه جامع تجارت به جای اتاق بازرگانی، وظیفه توزیع این کارت‌ها را عهده گرفت.
با وجود این تغییرات، در هفته‌های گذشته بسیاری از فعالان اقتصادی بخش خصوصی، از جمله مسعود خوانساری – رییس اتاق بازرگانی تهران – نسبت به عملکرد این سامانه انتقادهایی جدی را مطرح کرد و گفت با توجه به مشکلات موجود در سامانه، از ابتدای مرداد ماه عملا صدور کارت‌های بازرگانی جدید متوقف شده است. هرچند این اظهارات با واکنش سازمان توسعه تجارت مواجه شد و این سازمان اعلام کرد که پس از چند روز، اختلالات سامانه برطرف شده اما تداوم اختلاف نظرها باعث شده، سرپرست جدید وزارت صنعت، معدن و تجارت از مواضع دولت در این حوزه قدری عقب نشینی کند.
در ابلاغیه سرقینی آمده است: ایجاد و استقرار سامانه یکپارچه اعتبارسنجی و رتبه‌بندی اعتباری برای صدور و تمدید کارت بازرگانی، به‌دقت عمل و شفافیت در این خصوص کمک شایانی کرده؛ ازاین‌رو به‌منظور رفع ایرادات و نواقص احتمالی سامانه و در نظر گرفتن آن دسته از متقاضیان و فعالان اقتصادی که تاکنون به فرآیند سامانه جدید آشنایی و تسلط پیدا نکرده‌اند، ضروری است ترتیبی اتخاذ شود تا به مدت دو ماه، هر دو سامانه به‌صورت هم‌زمان و به‌موازات، به فعالیت خود ادامه دهد. محدودیت ارائه خدمات و تسهیلات به صادرکنندگانی که نسبت به بازگشت ارز حاصل از صادرات خود اقدام نکرده‌اند، برابر با توافقات به‌عمل‌آمده میان سازمان توسعه تجارت ایران و بانک مرکزی، به قوت خود باقی خواهد بود.