۵ تشکل بخش کشاورزی شامل انجمن تولیدکنندگان جوجه یکروزه، اتحادیه سراسری مرغداران میهن، کانون انجمن‌های صنفی کارفرمایی مرغ گوشتی ایران، اتحادیه کارخانجات خوراک دام و طیور و انجمن صنفی گاوداران ایران در نامه‌ای به سید جواد ساداتی نژاد، وزیر جهاد کشاورزی، از عملکرد سامانه بازارگاه صرفاً تقدیر کرده‌اند.
در متن این نامه آمده است:
«احتراماً همانگونه که مستحضرید توزیع نهاده‌های مورد نیاز صنعت طیور کشور از ابتدای مهر ماه سال گذشته به طور سیستمی از طریق سامانه بازارگاه انجام می‌شود و این روند علاوه بر ایجاد سهولت و شفافیت در دسترسی بدون واسطه به واردکنندگان نهاده‌های دامی سرعت و راحتی در خرید نهاده‌های مذکور را نیز به همراه داشته است. در همین راستا تشکل‌های تولیدی مرتبط با صنعت دام و طیور کشور به نمایندگی از تولیدکنندگان زحمتکش این صنعت ضمن ابراز رضایت از نحوه عملکرد سامانه بازارگاه از تمام دست‌اندرکاران و متولیان موضوع در وزارت جهاد کشاورزی به خصوص معاونت امور تولیدات دامی و مرکز فناوری اطلاعات آن وزارتخانه تقدیر و تشکر می‌نمائیم. در همین رابطه خواهشمند است دستور فرمائید علاوه بر ادامه مناسب خدمات توزیع نهاده‌ها و خوراک آماده طیور از طریق سامانه بازارگاه نسبت به تأمین به موقع نهاده‌های مورد نیاز نظارت بر کیفیت نهاده‌های عرضه شده و همچنین رفع مشکل حمل و نقل نهاده‌های خریداری شده اقدام مقتضی انجام شود.»
اینکه سامانه مذکور منجر به ایجاد شفافیت در فرایند تأمین و توزیع نهاده‌های دامی و کوتاه کردن دست واسطه‌ها و دلالان می‌شود کاملاً بدیهی است اما نکته این است که سامانه بازارگاه طی دو سال گذشته به دلیل برخی نواقص و عدم تکمیل، مشکلات متعددی را برای فعالان صنعت دام و طیور کشور ایجاد کرده است که این مشکلات طی دو سال گذشته در قالب مصاحبه و گزارش‌های متعدد مورد اشاره قرار گرفته است.
اما اینکه تشکل‌های مزبور بدون اشاره به این نواقص، صرفاً به تعریف و تمجید از سامانه آن‌هم مقابل وزیر جهاد کشاورزی پرداخته‌اند جای تعجب دارد؛ چرا که انتظار می‌رفت تشکل‌های مذکور با ذکر واقعیات و مشکلات سامانه بازارگاه، وزیر جدید جهاد کشاورزی را به رفع نواقص سامانه بازارگاه ترغیب کنند نه اینکه صرفاً با تعریف و تمجید از آن، نسبت به ایرادات سامانه پنهان کاری صورت بگیرد.
سال گذشته بسیاری از فعالان صنعت دام و طیور کشور از عملکرد سامانه بازارگاه انتقاد کرده و خواستار ایرادات آن شده بودند. در همین زمینه ناصر نبی پور، سخنگوی وقت اتحادیه سراسری مرغداران میهن با اشاره به نارضایتی تولیدکنندگان از عملکرد سامانه بازارگاه، گفته بود: اگر وزارت جهاد کشاورزی نمی‌تواند این سامانه را اصلاح و ساماندهی کند، کلاً آن را تعطیل کند.
حجت ورمزیاری، عضو هیئت علمی دانشگاه تهران با بیان اینکه نشتی نهاده‌های دامی عمدتاً از سامانه بازارگاه است، ۵ پیشنهاد را برای حل معضل بازار نهاده‌های دامی ارائه کرده بود.
کسری لشگری، بازرس اتحادیه واردکنندگان نهاده‌های دام و طیور ایران نیز با اشاره به مشکلات سامانه بازارگاه، از طولانی بودن روند ترخیص و توزیع نهاده‌های دامی از طریق سامانه بازارگاه ابراز نگرانی کرده بود.
سید احمد مقدسی، رئیس هیأت مدیره انجمن صنفی گاوداران ایران نیز با اشاره به ۴ ایراد سامانه بازارگاه که تولیدکننده و واردکننده را دچار مشکل کرده است، گفته بود: متأسفانه بانک کشاورزی در رفع ایرادات این سامانه همکاری نمی‌کند.
و در ۳۰ دی ۱۳۹۹، حبیب اسدالله نژاد، نایب رئیس کانون سراسری مرغداران گوشتی ایران با اشاره به اینکه سامانه بازار گاه بسیار به‌روزتر شده و نواقص کار آن به حداقل رسیده به لزوم برخی از اصلاحات در سامانه بازار گاه اشاره کرد و گفت: علیرغم وعده‌های وزارت جهاد کشاورزی برای انجام اصلاحات همچنان ایراداتی در سامانه بازار گاه وجود دارد و لازم است در ایجاد برخی تغییرات و ویژگی‌ها در سامانه بازار گاه تسریع شود.
در این میان سوالی که مطرح می‌شود آن است که چرا تشکل‌های فوق در نامه خود صرفاً به قدردانی از عملکرد این سامانه پرداخته و اشاره‌ای به نواقص و اختلالات آن نداشتند؟ در حالی که همواره مطرح کردن انتقادات و مشکلات می‌تواند راهگشای مسیر باشد و به بهبود روند و توسعه کار کمک کند.