از آن زمان تاکنون دستگاه‌های اجرایی مختلف با انتقاد از برخی فرآیند‌ها صدور کارت‌های بازرگانی بر ضرورت تغییر مکانیزم‌های استفاده از کارت‌های مذکور، تاکید کردند. در جدیدترین اظهارنظر در این رابطه، سخنگوی ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز، مکانیزم کنونی صدور تاییدیه وزارت صمت برای کارت‌های بازرگانی را نادرست دانسته است. به گفته حمیدرضا دهقانی‌نیا، وقتی کارت بازرگانی صادر می‌شود، لازم است که برخی فرآیند‌ها را در مراحل صدور طی کند، در این راستا یکی از این فرآیند‌ها به تاییدیه وزارت صمت اختصاص دارد. سخنگوی ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز تصریح می‌کند که وزارت صنعت، معدن و تجارت درحالی روند تاییدیه را در سامانه «یکپارچه اعتبارسنجی و رتبه‌بندی اعتباری» انجام می‌دهد که این موضوع در قوانین ذکر نشده است. از سوی دیگر برخی سازمان‌های دولتی در هفته‌ها و ماه‌های اخیر، از بروز تخلفات مختلف تجاری و مالیاتی که از کارت‌های بازرگانی ناشی شده، خبر دادند و بخشی از حفره‌های ایجاد شده در مسیر صدور کارت‌های بازرگانی را متوجه اتاق بازرگانی دانستند، اما در مقابل فعالان اقتصادی بخش‌خصوصی تصریح کردند که برخلاف بسیاری از ارزیابی‌ها که اتاق بازرگانی را مسوول اصلی چالش‌های پیش آمده درخصوص کارت‌های بازرگانی معرفی می‌کند، باید ریشه مشکل را در بخشی از سیاست‌گذاری‌ها جست‌وجو کرد.
اما رئیس اتاق بازرگانی کاشان در اظهارنظری تازه درخصوص کارت‌های بازرگانی به پایگاه خبری اتاق ایران گفته است: هرکسی که کارت بازرگانی دریافت می‌کند عملکرد او توسط سازمان امور مالیاتی رصد می‌شود. سازمان امور مالیاتی اگر از تخلف در جایی صحبت می‌کند باید اطلاعات کافی را ارائه دهد اما هیچ اطلاعاتی ارائه نمی‌دهد. در واقع قانون ابزار کافی وصول مالیات را در اختیار سازمان امور مالیاتی قرار داده است. به گفته محمود تولایی، هر فردی که کارت بازرگانی دریافت می‌کند، قبل از صدور کارت حتما باید پرونده مالیاتی تشکیل دهد؛ به همین دلیل هم به‌راحتی مشخص می‌شود که چه کسی با کارت بازرگانی چه میزان واردات و صادرات انجام داده و چقدر بدهکار است. درحالی‌که اگر همان فرد کارت بازرگانی نداشت ممکن بود جزو فراریان مالیاتی محسوب شود و راهی برای پایش رفتار تجاری او نبود. او ادامه داد: باید مدعیان مستندات خود را در چند حوزه استخراج و ارائه دهند؛ اول اینکه در یک سال گذشته چند نفر از کارت‌های بازرگانی سوءاستفاده کرده‌اند؟ لیست کامل و شفاف این کارت‌ها به تفکیک استان‌ها و میزان فرار مالیاتی هر کدام چقدر بوده است؟ چه تعداد از این کارت‌ها بدون داشتن شرایط و ضوابط قانونی صادرشده است؟ تولایی معتقد است سازمان امور مالیاتی اگر در جایی از تخلف صحبت می‌کند باید اطلاعات کافی را ارائه دهد ولی هیچ اطلاعاتی ارائه نمی‌دهد. به گفته تولایی، اگر فرد یا افرادی با رعایت و دارا بودن همه شرایط و مقررات اقدام به اخذ مجوزی (برای کارت بازرگانی) از اتاق می‌کنند و بعد با در اختیار قرار دادن این کارت به افراد سودجو در مبادی گمرکی و عدم توانایی سیستم گمرکی در مقابله و برخورد با این افراد سودجو، دچار تخلف می‌شوند، آیا مقصر تخلف و بروز قاچاق در مبادی رسمی اتاق تعاون و بازرگانی است؟ قانون ابزار کافی وصول مالیات را در اختیار سازمان امور مالیاتی قرار داده است. او تصریح کرد: براساس بخشنامه گمرک، دارندگان کارت‌های بازرگانی باید در بدو ورود مالیات علی‌الحساب واردات قطعی کالا را به میزان ۴ درصد مجموع ارزش گمرکی و حقوق ورودی پرداخت کنند. انتظار بخش‌خصوصی این است سازمان امور مالیاتی براساس اختیار قانونی که دارد در این زمینه شفاف‌سازی کند.
اما پایگاه خبری اتاق ایران، در گزارشی به تشریح شرایط احراز صلاحیت و اهلیت حرفه‌ای متقاضیان کارت بازرگانی پرداخته است؛ در این چارچوب کارت بازرگانی به‌عنوان شناسنامه تجار و بازرگانان و ابزار اصلی آنها برای حضور در عرصه تجارت بین‌الملل صادر می‌شود. اتاق ایران مرجع صدور این کارت‌ها است و پس از تایید پرونده متقاضی از سوی وزارت صنعت، معدن و تجارت نسبت به چاپ آن اقدام می‌کند. طبق قانون در این پروسه مراحلی هم برای احراز صلاحیت و اهلیت حرفه‌ای متقاضی تعیین شده که باید به انجام برسد. اتاق بازرگانی، صنایع، معادن و کشاورزی ایران مرجع صدور کارت بازرگانی برای متقاضیان حضور در عرصه تجارت خارجی است و پس از انجام مراحل قانونی، احراز صحت شرایط و مدارک و تایید نهایی پرونده متقاضیان از سوی وزارت صنعت، معدن و تجارت، نسبت به چاپ این کارت‌ها و ارسال به آدرس محل کار متقاضیان اقدام می‌کند.
در فرآیند صدور کارت بازرگانی، براساس بخشنامه شماره ۹۰۷۸۳/ ۶۰ مورخ ۱۶ تیرماه ۱۳۹۴ وزیر صنعت، معدن و تجارت، شاخص‌های احراز صلاحیت و اهلیت حرفه‌ای متقاضیان صدور کارت بازرگانی نیز مشخص شده که در پروسه صدور کارت مدنظر قرار می‌گیرد. طبق بخشنامه ابلاغی از سوی وزیر صنعت، معدن و تجارت، اولین شرط لازم برای احراز صلاحیت متقاضیان دریافت کارت بازرگانی این است که اشخاص حقوقی در حساب‌جاری خود حداقل ۲۰ میلیون تومان و اشخاص حقیقی حداقل ۳۰ میلیون تومان موجودی داشته باشند. همچنین ارائه یک سند معتبر اعم از روزنامه رسمی، حکم کارگزینی یا لیست بیمه تامین اجتماعی، مبنی بر تجربه فعالیت در بنگاه‌های صادراتی، وارداتی و تولیدی به‌عنوان عضو هیات‌مدیره، مدیرعامل، مدیر بازرگانی داخلی – خارجی، مدیرفروش، کارشناس امور بازرگانی یا مدیر امور حقوقی در شرکت‌های دارای عضویت معتبر در اتاق‌های بازرگانی تهران، یکی از شروط کافی برای احراز صلاحیت و اهلیت متقاضی دریافت کارت بازرگانی است. از دیگر شروط کافی (و نه لازم) برای دریافت کارت بازرگانی، ارائه پروانه بهره‌برداری، جواز تاسیس، کارت شناسایی کارگاه و پروانه فعالیت صنعتی، کشاورزی، معدنی، خدمات فنی مهندسی، خدمات فناوری اطلاعات و ارتباطات از مراجع ذی‌ربط است که علاوه بر شاخص‌های فوق، متقاضیان حقوقی کارت بازرگانی باید از حساب بانکی جاری متعلق به یکی از اعضای هیات‌مدیره یا مدیرعامل با گردش مالی حداقل ۲۰۰ میلیون تومان به مدت یک سال برخوردار باشند، ضمن اینکه دارا بودن سند مالکیت محل قانونی اعلام شده به‌عنوان دفتر یا محل کار به نام متقاضی یا اعضای هیات‌مدیره شخص حقوقی و نیز شخص حقیقی داوطلب دریافت کارت بازرگانی الزامی است. همچنین ملاک مالکیت افراد، ارائه یکی از سه سند «اجاره‌نامه دارای کد رهگیری»، «اجاره‌نامه محضری» یا «سند مالکیت به‌نام متقاضی یا یکی از اعضای هیات‌مدیره» خواهد بود.
از سوی دیگر دارا بودن حداقل ۶ ماه سابقه عضویت در اتاق‌های بازرگانی و نیز شرکت در دوره‌های آموزشی اتاق‌ها نیز به‌عنوان یکی از شرایط کافی برای احراز صلاحیت و اهلیت متقاضیان کارت‌های بازرگانی محسوب می‌شود. در فرآیند صدور کارت بازرگانی برای متقاضیان جدید، اثبات عملکرد اقتصادی متقاضی با ارائه مدارکی نظیر گزارش فصلی فروش، اوراق تشخیص مالیاتی، آرای هیات‌های حل اختلاف مالیاتی یا تامین اجتماعی از سوی اعضای هیات‌مدیره یا مدیرعامل شرکت یا شخص حقیقی داوطلب دریافت کارت بازرگانی نیز پس از تایید مدیریت امور مالی اتاق به‌عنوان یکی از شرایط کافی مدنظر قرار خواهد گرفت.